Der Brief an Philemon besteht aus drei Hauptteilen. Zuerst die Einleitung (V. 1-7), dann als Hauptthema die Bitte, dass Onesimus aufgenommen werden sollte (V. 8-21), und schließlich die Andeutung, dass Paulus ihn bald zu besuchen hofft. Dieser Nachricht sind noch Abschiedsgrüße von Glaubensgefährten in Rom zugefügt (V. 22-24).
I. Einführung (V. 1-7)
2. Gebet und Danksagung für den Empfänger (V. 4-6)
3. Die Tugenden des Empfängers (V. 7)
II. Zweck des Briefes (V. 8-21)
2. Nimm ihn auf wie mich selbst (V. 13-17)
3. Erquicke mein Herz (V. 18-21)
III. Hoffnung des Paulus (V. 22-25)
Anhang: Praktische Lektionen des Briefes Die ersten sieben Verse, die die Einführung des Briefes enthalten, könnten wiederum in drei Teile aufgeteilt werden; der Gruß an den Empfänger (V. 1-3), Gebet und Danksagung für ihn (V. 4-6) und seine Bewährung, die Anlass zu Danksagung und Freude gab (V. 7).